深圳港東部港區位于深圳市東部，大鵬灣北及西北岸?，F有鹽田、下洞、沙魚涌和秤頭角4個港區。此外，還包括大亞灣內大亞灣核電站專用碼頭。深圳港東部港區水域寬廣，有良好的自然水深，不淤積，障得物少，但遮蔽條件較差，在偏南風季節，涌浪較大。

鹽田港區位于大鵬灣西北岸，深圳市鹽田區境內，西起沙頭角保稅區、東至正角咀，距香港維多利亞港68海里、澳門港93海里。港區地理位置優越，建設條件優良，是我國沿海深水良港之一。該港區于1989年12月由深圳東鵬實業有限公司負責開發，1992年11月正式對外開放。

下洞港區位于大鵬灣北岸中部，深圳市龍崗區境內，東鄰沙魚涌港區，西至光匯碼頭軸線以西50米，是石油產品和液化氣作業的專用港區。

沙魚涌港區位于大鵬灣北岸中部，深圳市龍崗區境內葵涌鎮土洋村岸段，西部毗鄰下洞港區，是深圳東部以散雜貨作業為主的中級碼頭港區。主要經營秒、石等建筑材料裝卸業務，貨物主要出口香港等地。

秤頭角港區位于大鵬灣東岸北部，深圳市龍崗區境內葵涌鎮秤頭角岸段，平洲島東北方1．5海里處。隨著該區域內新增的中石油應急調峰LNG項目、中海油迭福山LNG項目和深圳華安液化氣改擴建LNG項目的建設與投產，未來幾年將建成4座LNG接收站，預計每年超過900艘次LNG船舶進出該港區，吞吐能力可達2000萬噸。

大亞灣核電站專用碼頭位于大亞灣的大鵬澳北側，是核電站配套設施。

此外，在大鵬澳南部還建有游艇俱樂部碼頭，該碼頭由浪騎游艇俱樂部碼頭和七星灣游艇俱樂部碼頭組成，分別設有275個、395個游艇泊位。