小清河濟南港規劃建設主城港區和章丘港區，將形成“一港二港區”格局。總體規劃港口岸線6170米，生產性泊位總數27個，陸域總面積246萬平方米，建成投入使用后預計2030年和2040年貨物吞吐量為1230萬噸和1530萬噸。

主城港區位于荷花路小清河大橋下游200米，是濟南港的核心港區。規劃建設1000噸級泊位19個，占地面積2925畝，計劃分三期建設。章丘港區位于國道308大橋下游150米，是濟南港的重要港區。規劃建設1000噸級生產性泊位數8個，占地面積765畝，計劃分兩期建設。

作為小清河沿線港口的龍頭港，主城港區將發展成為以集裝箱、件雜貨等貨物的裝卸及倉儲為主要功能，同時兼具運輸換裝和集疏運、運輸組織管理、數字化服務、口岸服務和商貿服務、臨港工業、港口物流園區、旅游、客運服務、保稅加工等功能的大型現代化生態港口。

世界上很多的城市都是因港興城，因港興市，比如京杭運河的濟寧、蘇州、杭州，像海港的上海、青島、天津等。濟南港建設是小清河復航的樞紐工程，致力于將其打造成長江以北科技含量最高、功能最齊全、設施最完善、環保標準最高的內河樞紐港、龍頭港。

山東海河港口有限公司董事長王禮介紹，他們與科研單在全國首制了3000噸級的河海直達船，可裝載148個標準集裝箱。“以前的船到小清河的河口需要轉用海船，這條船到達渤海龍口港，直接加入到渤海灣的班輪，就能直達世界各地。隨著河海直達船的使用，從某種意義上來說，濟南港變成了一座海港。”

河海直達船能提高運輸效率，同時降低物流成本。王禮給記者算了一筆賬，河海直達船從濟南直接到龍口港比中間轉運大約要節省10個小時時間。河船改海船，每噸的成本大約降低2元錢。

“比如說，現在有一個企業的貨物需求量為一千萬噸，河海直達船運貨每噸節省2元，一年就能節省運輸成本2000萬元，這對那些有大宗貨物需求的企業而言，這是減少物流成本很好的辦法。”王禮說。